句読点を多めに入れる感覚で「;」を打っていけば、 多分、読みを入力するのと同時にタイプしていても、 それほど気にならない様な気がする。同感です。
区切り文字は何がいいかは自分も試行錯誤中です。押しやすさから言えば、「変換」キー、「無変換」キー、「スペース」キーあたりだろうとは思うものの、それはフロントエンドを改造しないとできないと思うので、自分には…。
「va vi vu ve vo」は「う゛ぁ う゛ぃ う゛ う゛ぇ う゛ぉ」と 平仮名で入力されると思う。
こちらは説明不足でした。
scim-anthy ではいくつかのスタイルのローマ字かなテーブルを選択できるようになっていて、

このうち、「Microsoft IME」「Wnn」「VJE-Delta」は「va vi vu ve vo」は「ヴぁ ヴぃ ヴ ヴぇ ヴぉ」になってます。

なので、alt-cannadic も、読みに「う゛」を含むものは「ヴ」に置き換えた読みでも登録するようにしてあります。
たとえば「カヴァー」なら読みは「かう゛ぁー」と「かヴぁー」の両方で登録されてます。
これらのローマ字かなテーブルを使っている場合に、文節の先頭をカタカナにする方式で入力すると、たとえば「すべてのれう゛ぇるをかう゛ぁーしている」は「スべてのレヴぇるをカヴぁーしている」となり、変換すると「|すべての|れ|ヴぇるを|可|ヴぁーしている|」になってしまう、とこういう意味だったのです(「ヴ」が文節の先頭とみなされるので)。
(ちなみに、scim-anthy も、ローマ字かなテーブルのカスタマイズのところでは、アルファベットの大文字小文字は区別されなかったので「;su → ス」「;re → レ」「;ka → カ」で登録しました)。
Wnn、VJE-Delta のテーブルを使っている人はほとんどいないと思いますが、MS-IME にして使っている人は結構いるかなと思ったので。
でも、「ローマ字かなテーブルをカスタマイズして『ヴ』は『う゛』にして使ってください」とアナウンスしておけばそれでいいかなという気もします。
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