$ git clone git://git.example.com/hoge.git
$ cd hoge
;; base にしたい commit を checkout
$ git checkout [base にしたい commit-id]
;; 自分が作業するためのブランチを作成
$ git checkout -b mybranch
...
;; 「ファイルを更新し commit」を繰り返す
...
;; パッチ作成
;; 自分が mybranch に commit した分をすべて番号付きで "出力先ディレクトリ" に出力
$ git format-patch -o [出力先ディレクトリ] master..mybranch
format-patch で作成されたパッチは、git am で適用すると commit までしてくれる(commit log はパッチにあるものが使われる)。git apply で適用すると、ファイルの更新までで commit はされない。
git am でも git apply でも、ファイルのアクセス権の設定までやってくれるらしい(いちいち、スクリプトに chmod +x とかしなくていい)。
参考:
[git:ブランチの内容をマージする]
[Pro Git - プロジェクトの運営]
[How to create and apply a patch with Git]
